Magyarország első egyetemének alapítólevelét V. Orbán pápa rendelkezése nyomán állították ki 1367. szeptember elsején Viterbóban. Mivel Pécsről azt állítja a pápai bulla, hogy a tudomány művelésére különösen alkalmas, ebben szerepet játszhatott a városban működő káptalani iskola és az oktatásra különös figyelmet fordító négy koldulórendi monostor. Oka lehetett, hogy a pécsi egyházmegye területe a Magyar Királyság egyik legsűrűbben lakott vidéke volt a középkor folyamán, ebből következően a pécsi püspök az esztergomi érsek után a legtekintélyesebb jövedelemmel rendelkezett. Az alapításban kezdeményező szerepe volt Koppenbachi Vilmos püspöknek, aki Nagy Lajos király diplomatája, bizalmi embere volt. A 20. század utolsó harmadának ásatásai során kerültek felszínre a Székesegyház mögött, a korábbi püspöki palota Vilmos püspök által átépített épületének maradványai. A Vilmos püspökre utaló címerkő a déli bejárati kapu előtt került elő. A korabeli közép-európai példák alapján feltételezhető, hogy több helyszínen is folyhatott az oktatás. A püspöki címer előkerülése megerősítette, hogy az építtető személye az egyetemalapításban fontos szerepet játszó Vilmos püspök volt, aki feltehetően az egyetem létrehozása kapcsán alakíttatta át a korábbi palotát.

A Középkori Egyetem ad helyet a Pécs középkori és török kori emlékeit bemutató kiállításnak. A történelmi értékek interpretációját, megértését számos innovatív elem segíti: 3D animációkkal, rekonstrukciós ábrákkal illusztrált téma alapú tablókészlet, a látványértéket erősítő makettek, multimédiás tartalmak, Pécs középkori történetét bemutató animációs filmek.